目前我國動漫產業發展中還存在著整體發展水平不高、結構和布局不盡合理、高端人才缺乏三大問題。
首先，動漫產品質量不高，缺少有競爭力的品牌和形象。雖然近年來動漫產品的數量有大幅度的提高，但內涵深刻、風格獨特、形式新穎且具有市場競爭力的精品力作不多，缺少在國際國內都能立得住、叫得響的動漫品牌形象，動漫產品的質量和動漫原創水平、能力還有待于進一步提高。
其次，動漫產業結構和布局不盡合理，整體發展水平不高。我國現在有上萬家動漫企業，但總體上還處在小、散、弱的狀況，動漫企業盈利水平偏低，利潤率不高，龍頭企業比較少，企業的核心競爭力不足。動漫產業結構尚不合理，產業鏈不完整，漫畫、新媒體動漫、動漫衍生品行業相對薄弱，上下游行業之間還未形成良性循環，仍處于各自為戰的狀態，資源分散，沒有形成合力。各地在動漫發展上還存在急功近利、盲目跟風的現象，不考慮自身的特點和優勢，造成同質化低水平惡性競爭。
第三，動漫產業高端人才缺乏，特別是缺少創意策劃和經營管理方面的專業人才。目前，動漫從業人員和在校生人數不少，但是創意策劃和經營管理等高端人才比較匱乏，大專院校的動漫專業有待于加強，以適合于市場的需求，很多優秀的動漫專業學生選擇了設計、游戲等其他行業，動漫產業人才流失情況比較顯著。高端人才的缺乏制約了動漫產業發展。
